生物信息学R语言和统计学入门四——Fisher检验
上次提到卡方检验:
费希尔精确概率检验(Fisher's precision probability test),亦称“四格表的确切概率法”。主要用于四格表资料各格中有一格理论次数小于 5 时的独立性检验的方法。
还是上次的那个数据:
数据和上次一样,只不过我们将做一点小小的改动:
首先读取数据,然后我们只要该数据的前30行:
-
setwd("D:\\CSDN博客\\博客五 生物信息学R语言与统计学——卡方检验")
-
dir()
-
data <- read.csv("data.csv",header = T,sep = ",")
-
head(data)
-
data <- data[1:30,]
-
data$Age <- ifelse(data$Age>60,">60","<=60")
-
head(data)
-
data <- table(data$Age,data$OS)
-
data
-
> data
-
-
0 1
-
<=60 3 2
-
>60 16 9
可以看到,四个表中有的理论频数小于5.
我们首先进行卡方检验:
chisq.test(data)
结果会是发出警告,使用卡方检验可能是错误的:
-
> chisq.test(data)
-
-
Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction
-
-
data: data
-
X-squared = 3.0432e-31, df = 1, p-value = 1
-
-
Warning message:
-
In chisq.test(data) : Chi-squared approximation may be incorrect
,因此我们得使用Fisher精确检验:
fisher.test(data)
-
> fisher.test(data)
-
-
Fisher's Exact Test for Count Data
-
-
data: data
-
p-value = 1
-
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
-
95 percent confidence interval:
-
0.08032496 11.95438381
-
sample estimates:
-
odds ratio
-
0.848622
-
使用正确的统计学方法,可以避免审稿人质疑。
当然,如果一不小心(在不经意之间,常指做错了一件事情)(在不经意之间,常指做错了一件事情)蒙混过关,发了文章,也有可能会被撤稿。
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